Η «αρχόντισσα της Άρτας», όπως την αποκαλούν, βρίσκεται στη δυτική πλαγιά του λόφου Περάνθης. Θεμελιώθηκε το 1285 από τον Νικηφόρο Α’ Κομνηνό Δούκα. Ουσιαστικά, χτίσθηκε σε δύο φάσεις. Αρχικά ξεκίνησε να κατασκευάζεται το 1260 από τον Μιχαήλ Β´ Άγγελο Κομνηνό -Δούκα, ο οποίος ήταν Δεσπότης της Ηπείρου και τη γυναίκα του βασίλισσα Θεοδώρα, την κατοπινή Αγία Θεοδώρα, η οποία είναι και πολιούχος της Άρτας. Η σημερινή της μορφή οφείλεται στις εργασίες που έγιναν στο μνημείο από το Νικηφόρο Κομνηνό Δούκα και τη σύζυγό του Άννα Παλαιολογίνα Καντακουζηνή στα τέλη του 13ου αιώνα, προσπαθώντας να φτιάξουν έναν ναό αντάξιο μιας πρωτεύουσας σε αίγλη.
Παλαιότερα αποτελούσε καθολικό μεγάλου μοναστηριού, από το οποίο σώζονται επίσης 16 κελιά και η Τράπεζα, δηλαδή το εστιατόριο της μονής. Το καθολικό έχει διαστάσεις 20,30×22 μ. και χτίστηκε σε έναν αρκετά πρωτότυπο τύπο. Στο ισόγειο παρουσιάζει διάταξη παρόμοια με αυτή των οκταγωνικών ναών, ενώ στον όροφο ακολουθείται ο τύπος του σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού.
Το τέχνασμα με τον τρούλο που αιωρείται: Αυτό που σίγουρα θα σας εντυπωσιάσει στην Παναγία Παρηγορήτισσα είναι ο επιβλητικός τρούλος που αιωρείται. Οι πληροφορίες αναφέρουν πως ο πρωτομάστορας θέλοντας να κρατήσει τον τρούλο-στον οποίο δεσπόζει το ψηφιδωτό του Παντοκράτορα-ορατό από την είσοδο, αλλά και για να υπάρχει ευρυχωρία και επαρκής φωτισμός, επινόησε και εφάρμοσε ένα πρωτότυπο και ιδιαιτέρως τολμηρό σχέδιο στήριξης του, που κάνει τον ναό μοναδικό στον κόσμο.
Τι έκανε: Σε κάθε γωνία του κεντρικού τετράγωνου χώρου τοποθέτησε από ένα ζευγάρι παραστάδες. Πάνω σε αυτές τις παραστάδες τοποθέτησε οριζόντιους προβόλους μπηγμένους στους πλάγιους τοίχους, που αφήνουν ελεύθερο τον χώρο. Στις νέες αυτές προβολές τοποθετήθηκε δεύτερος όροφος κιόνων. Πάνω στους κίονες στήριξαν καμάρες. Τέλος πάνω στις κάμαρες κτίσθηκε ο τρούλος. Τα κιονόκρανα φαίνεται να είναι παρμένα από διάφορα κτίρια της Αμβρακίας, ακόμα και της αρχαίας Νικόπολης.
Ο λαϊκός θρύλος με τον πρωτομάστορα που ζήλεψε και δολοφόνησε το βοηθό του: Ο ναός και το όνομα της Παρηγορήτισσας προκύπτει από έναν λαϊκό θρύλο. Σύμφωνα λοιπόν με την παράδοση, το κτίσιμο του ναού είχε αναλάβει ένας σπουδαίος πρωτομάστορας. Ενώ οι εργασίες είχαν προχωρήσει αρκετά, αυτός επειδή ήταν περιζήτητος κλήθηκε να βγάλει τα σχέδια για μια άλλη εκκλησία. Αναγκαστικά άφησε στο «πόδι» του το βοηθό του. Εκείνος πανέξυπνος, άλλαξε τα σχέδια και η εκκλησία έγινε ασύγκριτα ωραιότερη από ότι είχε αρχικά σχεδιαστεί. Όταν ο πρωτομάστορας γύρισε και είδε το αποτέλεσμα, έσκασε από την ζήλια του. Για να τιμωρήσει τον βοηθό του για την πρωτοβουλία που πήρε, τον κάλεσε στην στέγη για να του δείξει κάποιο λάθος του και τον έσπρωξε από εκεί.
Καθώς έπεφτε ο κάλφας όμως πιάστηκε από τον πρωτομάστορα και τον παρέσυρε και εκείνον στην πτώση. Ο λαός πιστεύει ότι τα κουφάρια και των δύο απολιθώθηκαν και σώζονται στο πίσω μέρος της εκκλησίας δύο κοκκινωπές πέτρες. Ο θρύλος συνεχίζεται και υποστηρίζει ότι η Παναγία εμφανίστηκε στη μάνα του κάλφα για να την παρηγορήσει για τον άδικο χαμό του γιου της και γι’ αυτό η εκκλησία ονομάζεται Παρηγορήτισσα ή Παρηγορήτρια.
Περιγραφή: Ο ναός παρουσιάζει μεγάλο καλλιτεχνικό ενδιαφέρον. Εκτός της ιδιαίτερης αρχιτεκτονικής, τα πολυάριθμα γλυπτά τα οποία κοσμούν το εσωτερικό του, διακρίνονται για την πολυμορφία και πρωτοτυπία τους. Η εκκλησία της Παρηγορήτισσας χτίστηκε στη θέση παλαιότερου ναού, μικρότερων διαστάσεων, τμήματα του οποίου είναι κυρίως εμφανή, στη βόρεια πλευρά του κυρίως ναού. Σήμερα οι τοίχοι της Παρηγορήτισσας διακοσμούνται με τοιχογραφίες που χρονολογούνται σε διαφορετικές εποχές. Αρχικά όμως έφεραν πολυτελή ορθομαρμάρωση, λιγοστά τμήματα της οποίας διατηρούνται στη δυτική πλευρά, πάνω από την κεντρική είσοδο.
Στην ίδια πλευρά υπάρχει τόξο με περίτεχνη ανάγλυφη διακόσμηση και την επιγραφή που αναφέρει τους κτήτορες της εκκλησίας, το Νικηφόρο Κομνηνό Δούκα, τη σύζυγό του Άννα Παλαιολογίνα και το γιο τους Θωμά. Σύγχρονες του μνημείου είναι και οι ψηφιδωτές παραστάσεις του Παντοκράτορα και των προφητών, που διακοσμούν τον κεντρικό τρούλο. Τα ψηφιδωτά έχουν γίνει πιθανώς από δύο ομάδες τεχνιτών, που πιστεύεται ότι ήρθαν από την Κωνσταντινούπολη ή τη Θεσσαλονίκη. Στη βάση του τρούλου, στα μεγάλα τόξα των καμαρών, υπήρχε γλυπτή διακόσμηση. Σήμερα, σώζονται μόνο τα γλυπτά συμπλέγματα της Γέννησης και του Αμνού, που πλαισιώνονται με ευαγγελιστές και προφήτες.
Τα θέματα και η τεχνική των γλυπτών φανερώνουν δυτικές επιδράσεις και πιστεύεται ότι έγιναν από τεχνίτες, που ήρθαν από τη Δύση (ίσως από τη γειτονική Ιταλία). Οι τοιχογραφίες του Ιερού είναι έργο του μοναχού Ανανία και χρονολογούνται το 1558. Οι τοιχογραφίες του κυρίως ναού έγιναν πιθανώς στα τέλη του 17ου-αρχές του 18ου αι. ενώ ακόμη νεότερες είναι οι τοιχογραφίες του νάρθηκα. Το σημερινό κτιστό τέμπλο αντικατέστησε το αρχικό μαρμάρινο, από το οποίο σώζονται λιγοστά ανάγλυφα. Σημαντικές είναι οι δεσποτικές εικόνες της Παναγίας και του Χριστού. Κοντά στην εικόνα του Χριστού, υπάρχει ξυλόγλυπτο προσκυνητάρι με την εικόνα της Παναγίας «Παρηγορίτζας», η οποία σύμφωνα με επιγραφή «ανακαινίστηκε το 1792».
Στην νοτιοδυτική γωνία εξωτερικά της εκκλησίας σώζονται τα ερείπια ενός παλαιότερου ναΐσκου (ίσως του 12ου αι.) που ήταν χτισμένος στον τύπο του σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού (απλού τετρακιόνιου) με τρεις αψίδες ανατολικά και πιστεύεται ότι, μετά την ανέγερση της Παρηγορήτισσας, λειτουργούσε ως ταφικό παρεκκλήσι. Η Τράπεζα βρίσκεται ΝΑ του καθολικού. Είναι ένα μακρόστενο καμαροσκέπαστο κτίριο, η σημερινή μορφή του οποίου, είναι αποτέλεσμα των αναστηλωτικών εργασιών που έκανε ο Α. Ορλάνδος. Σήμερα, εκτίθενται σε αυτή γλυπτά που προέρχονται από σημαντικά βυζαντινά μνημεία της περιοχής της Άρτας. Δυτικά της Τράπεζας εντοπίσθηκαν τα ερείπια μιας σειράς κελιών, που υπήρχαν αρχικά στην πλευρά αυτή. Τα 16 κελιά που σώζονται στην ανατολική πλευρά εξυπηρετούν σήμερα λειτουργικές ανάγκες της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας. Ο ναός φαίνεται ότι δεν μετατράπηκε ποτέ σε τζαμί και ήταν σε λειτουργία έως και τον 18ο αιώνα.
