Η αρχική προέλευση της ιδέας της παρασκευής της, σύμφωνα µε αναφορές, προέρχεται από τη γεωγραφική περιοχή του Βυζαντίου. Ειδικότερα, προέρχεται από την Κωνσταντινούπολη. Είναι καταγεγραμμένη, εξάλλου, η παράδοση στα γλυκά ταψιού, αλλά και στις πίτες. Μια τέτοια πίτα μπορεί να θεωρηθεί και η μπουγάτσα, η οποία στο πέρασμα των αιώνων εξακολουθεί να αποτελεί ένα κορυφαίο γαστρονομικό προϊόν. Είναι χαρακτηριστικό ότι σε μια ταξιδιωτική εμπειρία του 16ου και 17ου αιώνα, ο ταξιδευτής Εβλιά Τσελεµπή αναφέρει ότι στην Κωνσταντινούπολη υπήρχαν δύο φούρνοι όπου παρασκεύαζαν τη μπουγάτσα και στη σέρβιραν πασπαλισμένη µε ζάχαρη άχνη. Σήμερα, βέβαια, η κλασική συνταγή περιέχει και κανέλα.
Οι κάτοικοι της Πόλης της έδωσαν το όνομα «μπουγάτσα», που σε κάποιες περιπτώσεις αναφερόταν και ως «μπουγκάτσα». Μια βασική διαφορά της από τις άλλες πίτες είναι ότι η γέμιση είναι πολύ καλά κλεισμένη μέσα στο φύλλο, σχεδόν στεγανά. Μια άλλη βασική της διαφορά είναι ότι το φύλλο της δεν ανοίγεται µε το πλαστήρι και το αλεύρι, αλλά κυρίως µε τη βοήθεια λαδιού και μαλακού φυτικού βουτύρου. Στην Κωνσταντινούπολη η συγκεκριμένη ιδιόμορφη πίτα ονομαζόταν «πογάτσα» ή «µπογάτσα» από τους Έλληνες και «bugatsa» (μπουγκάτσα) από τους Τούρκους. Στη χώρα µας η μπουγάτσα κατασκευάζεται από τη Βόρεια Ελλάδα ως την Ήπειρο και από την Πελοπόννησο ως την Κρήτη. Ωστόσο, καθώς στην περιοχή των Σερρών εγκαταστάθηκε ένας μεγάλος αριθμός προσφύγων, η μπουγάτσα μπορούμε να πούμε ότι πολιτογραφήθηκε ως Σερραία.
Οι διαφορές που υπάρχουν ανάμεσα στη βόρεια και στη νότια Ελλάδα σε σχέση µε τη μπουγάτσα είναι αρκετές. Ειδικότερα, η µία σχετίζεται µε τον τρόπο διπλώματος του φύλλου κατά την παρασκευή της και στον τρόπο σερβιρίσματός της. Στη βόρεια Ελλάδα πουλιέται µε το κιλό και συνήθως μια μερίδα της ισοδυναμεί µε 160 γραμμάρια, ενώ στη νότια Ελλάδα η πώλησή της γίνεται µε το κομμάτι. Στη βόρεια Ελλάδα παραγγέλνεται συνήθως απλά σαν «µία µε τυρί» ή «µία µε κρέμα», καθώς αποτελεί δημοφιλή πρόχειρη επιλογή και σερβίρεται κομμένη σε κομμάτια μεγέθους μπουκιάς.
Εκτός από τις δύο αυτές δημοφιλείς γεύσεις υπάρχει ακόμα μπουγάτσα µε κιμά, σπανάκι, αλλά και σκέτη-µόνο µε φύλλο, χωρίς γέµιση-η οποία σερβίρεται συνήθως πασπαλισμένη µε κρυσταλλική ζάχαρη. Στη νοτιότερη Ελλάδα τα πράγματα είναι κάπως διαφορετικά. Εδώ, λέγοντας μπουγάτσα, αναφερόμαστε στην επιλογή µε κρέμα, ζάχαρη άχνη και κανέλα, καθώς δεν γίνεται ο διαχωρισμός µε βάση τον τύπο του φύλλου που χρησιμοποιείται. Στην Τουρκία η πογάτσα (τουρκικά bogaca) συνήθως έχει λιγότερη γέμιση από τη μπουγάτσα που σερβίρεται στην Ελλάδα. Ένα έθιμο που συνδέεται μαζί της είναι ότι οι κάτοικοι του Ηρακλείου υποδέχονται το νέο έτος µε μπουγάτσα, µε την ελπίδα ότι θα φέρει γλυκά και χαρμόσυνα νέα.