Η ιστορία των Φούρνων φαίνεται να ξεκινά από τα αρχαία χρόνια. Είναι γνωστό ότι προμήθευαν με μάρμαρο την αρχαία Μίλητο και μάλιστα μέχρι σήμερα διασώζονται ερείπια του αρχαίου λατομείου. Πιστεύεται ότι οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού ήταν Ίωνες, οι «Κορασιαί» ή «Κορσειαί» των αρχαίων. Εξ ου και η ονομασία Φούρνοι Κορσεών όπως αποκαλούνται μέχρι σήμερα. Κατά τους Βυζαντινούς χρόνους ήταν λημέρι πειρατών γι’ αυτό και τα νησάκια είχαν εγκαταλειφθεί. Οι Φούρνοι, σύμφωνα με αρχειακό υλικό, κατοικήθηκαν εκ νέου από το 2ο μισό του 18ου αιώνα αρχικά από Δωδεκανήσιους και στη συνέχεια και από κατοίκους άλλων περιοχών της Ελλάδος.
Κατά την Τουρκοκρατία ελέγχονταν από την Ηγεμονία της Σάμου, ενώ έπαιξαν σπουδαίο βοηθητικό ρόλο σε διάφορες ναυμαχίες κατά την Επανάσταση του 1821. Οι κάτοικοι ασχολούνται με την αλιεία, την κτηνοτροφία, τη μελισσοκομία, τις οικοδομές, το εμπόριο και τον τουρισμό, ενώ ένα μεγάλο ποσοστό είναι ναυτικοί. Στο λόφο του Αγίου Γεωργίου, μέσα στην πρωτεύουσα του νησιού και πάνω από το χωριό, σώζεται το τεράστιο, κυκλώπειο τείχος προϊστορικού κάστρου με πελεκημένες πέτρες. Στα θεμέλια του πανάρχαιου κάστρου χτίστηκε κάστρο κλασσικής εποχής που αποτέλεσε την Ακρόπολη των Φούρνων.
Στο κάστρο υπήρχε και ναός, ενώ σώζεται η πέτρινη σκάλα που πιθανώς οδηγούσε στην είσοδο του κάστρου, ο βράχος που ήταν βάση για άγαλμα, ορισμένες επιγραφές στις οποίες γίνεται λόγος για τους θεούς της Σαμοθράκης και για τον κτήτορα της Ακρόπολης, καθώς και μια εντοιχισμένη πέτρα με αφιέρωση προς το θεό Ερμή. Στον βυθό των Φούρνων έχουν βρεθεί πολλά αρχαία ναυάγια εμπορικών πλοίων, γεγονός που έχει προκαλέσει διεθνές ενδιαφέρον για την εξερεύνησή τους. Το μεγαλύτερο νησί είναι οι Φούρνοι με την ομώνυμη πρωτεύουσα, χτισμένη αμφιθεατρικά με θέα τον πανέμορφο φυσικό κόλπο και το λιμάνι του νησιού.
Είναι ένας γραφικός οικισμός με μικρά σοκάκια, ασπρισμένες αυλές και γλάστρες με πολύχρωμα, ευωδιαστά λουλούδια. Ανηφορίζοντας κανείς προς την πλατεία, διαβαίνει το ξακουστό σοκάκι του νησιού -το δρόμο με τις μουριές όπως τον αποκαλούν οι επισκέπτες-, όπου οι μουριές σαν πράσινη θάλασσα απλώνονται κατά μήκος του δρόμου. Στην πλατεία του χωριού ένα μεγάλο πλατάνι προσφέρει απλόχερα ίσκιο και δροσιά κάτω από τα κλαδιά του. Εκεί, βρίσκονται παραδοσιακά καφενεδάκια, ενώ τα περισσότερα εστιατόρια του νησιού βρίσκονται δίπλα στη θάλασσα. Στους Φούρνους και στα άλλα νησάκια υπάρχουν πολλές όμορφες και πεντακάθαρες παραλίες που προσφέρονται για ήρεμες και ξεκούραστες διακοπές.
Στους Φούρνους και στη Θύμαινα, το δεύτερο μεγαλύτερο νησάκι, διοργανώνονται πολλές εκδηλώσεις, ειδικά τα καλοκαίρια όπου γίνονται διάφορα πανηγύρια με μουσική και παραδοσιακούς χορούς. Εντυπωσιακά είναι και τα έθιμα κατά την περίοδο του Πάσχα με το άναμμα φωτιάς του «Σωρού» (σωρός από κλαδιά) σε ένα λόφο και μικρά τενεκεδάκια που σχηματίζουν την ελληνική σημαία και το Χριστός Ανέστη (ΧΑ) κατά την Ανάσταση. Το μαγευτικό θέαμα συμπληρώνουν τα βεγγαλικά και τα πυροτεχνήματα στον ουρανό.
