Το Καθολικό της Μονής ήταν ναός αφιερωμένος στο θεό Μίθρα ή στο θεό Απόλλωνα-χαρακτηριστικοί είναι άλλωστε οι οκτώ γρανιτένιοι κίονες φαραωνικής εποχής. Καθιερώθηκε ως χώρος χριστιανικής λατρείας αφιερωμένος στον Απόστολο και Ευαγγελιστή Μάρκο περί τα έτη 318-320, όταν, με αυτοκρατορική άδεια του Μεγάλου Κωνσταντίνου, ιδρύθηκαν στην Αίγυπτο σαράντα Χριστιανικοί ναοί. Γύρω στο 536, μετά την απόσχιση των Αιγύπτιων χριστιανών (κοπτών) από την Πρεσβυγενή Αλεξανδρινή Εκκλησία και τη δημιουργία της Κοπτικής Εκκλησίας, η μονή έγινε η έδρα του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας.
Όμως, στα μέσα του 7ου αιώνα, καταστράφηκε από σεισμό και, με τη χορηγία ενός πλούσιου Αλεξανδρινού χριστιανού, ονόματι Σάββα, οικοδομήθηκε εκ νέου, προς τιμήν του Οσίου Σάββα, ο οποίος έζησε στην Αλεξάνδρεια προτού μεταβεί στα Ιεροσόλυμα. Στο πέρασμα των αιώνων, ακολουθώντας τις ιστορικές περιπέτειες της χώρας, η μονή γνώρισε πολλές πυρπολήσεις, καταστροφές και νέες ανακαινίσεις, με τελευταία, κατά τα έτη 2008-2009, από τον Πάπα και Πατριάρχη Αλεξανδρείας και Πάσης Αφρικής κ. Θεόδωρο Β'.
Κατά την ιστορική του διαδρομή, αυτό το μοναστικό ενδιαίτημα, εκτός από πατριαρχική καθέδρα, διετέλεσε και κοιμητήριο πατριαρχών, κληρικών, μοναχών, ορθόδοξων και αλλοδαπών χριστιανών, πτωχοκομείο, νοσοκομείο, υγειονομείο, σχολείο, λοιμοκαθαρτήριο, ξενώνας και άσυλο. Αξιοσημείωτο είναι ότι μέσα στον κυρίως ναό βρίσκεται ως πολύτιμο θησαύρισμα η κολόνα όπου κατά την παράδοση αποκεφαλίστηκε η Μεγαλομάρτυρας Αγία Αικατερίνη, ενώ στο παρεκκλήσι του Ευαγγελιστή Μάρκου και του Αγίου Νικηφόρου του Λεπρού φυλάσσονται προς προσκύνηση λείψανα πολλών Αλεξανδρινών αγίων.
Τέλος, επί της Ιεράς Αγίας Τραπέζης εντός του Ιερού Βήματος χειροτονήθηκε και έλαβε τη χάρη της ιεροσύνης ο Άγιος Νεκτάριος, Επίσκοπος Πενταπόλεως. Από το ακαδημαϊκό έτος 2007-2008, ο Πάπας και Πατριάρχης Αλεξανδρείας κ. Θεόδωρος B' επανίδρυσε και λειτουργεί στη μονή την Πατριαρχική Σχολή Αλεξανδρείας «Άγιος Αθανάσιος», ένα εκπαιδευτικό ίδρυμα διετούς φοίτησης για Αφρικανούς νέους προκειμένου να στελεχώσουν τις εκκλησιαστικές επαρχίες του Θρόνου στις χώρες καταγωγής τους.
