Η Παναγία της Σκρίπους, όπως ταν αποκαλούν οι ντόπιοι, στον Ορχομενό είναι το αρχαιότερο βυζαντινό μνημείο της Βοιωτίας και ένα από τα σπουδαιότερα της Ελλάδας. Με τη σημερινή της μορφή χτίστηκε το 873-874, όπως μαρτυρά κτητορική επιγραφή στην κόγχη του Ιερού Βήματος, από τον πρωτοσπαθάριο της Ανακτορικής Φρουράς του Βυζαντινού αυτοκράτορα Βασιλείου Α' του Μακεδόνα και διοικητή του Θέματος Ελλάδος Λέοντα, ο τάφος του οποίου βρίσκεται στο Καθολικό της μονής.
Δεν γνωρίζουμε με βεβαιότητα από πού προέρχεται n ονομασία «Σκριπού». Πιθανώς από τα λατινικά «scriptus, scripta» («γραμμένος, γραμμένη») λόγω του πλήθους των επιγραφών που είναι εντοιχισμένες στο ναό. H χρονολογία ίδρυσης της μονής είναι άγνωστη. Ωστόσο το ψηφιδωτό δάπεδο του Καθολικού-που είναι τρισυπόστατο, αφιερωμένο στην Παναγία και στους Αποστόλους Πέτρο και Παύλο-χρονολογείται στον 5ο αιώνα, γεγονός το οποίο αποδεικνύει ότι χτίστηκε πάνω σε προγενέστερο, παλαιοχριστιανικό ναό, που κι αυτός οικοδομήθηκε στο χώρο μυκηναϊκών κτισμάτων και ιερών-ίσως των Χαρίτων και του Διονύσου-, ερείπια των οποίων βρίσκονται στον περίβολο δυτικά του Καθολικού.
Για την ιστορία του μοναστηριού δεν υπάρχουν πολλές πληροφορίες. Γνωρίζουμε όμως ότι ο μεγάλος φιλέλληνας λόρδος Βύρων επισκέφθηκε τη Μονή Σκριπούς και εντυπωσιάστηκε από τον τότε ηγούμενο, Νικηφόρο, έναν πολύ μορφωμένο άνθρωπο που πρόσφερε πάρα πολλά στον αγώνα του επαναστατημένου γένους. Επειδή μάλιστα η μονή βοηθούσε τους οπλαρχηγούς της Ρούμελης, πυρπολήθηκε από τους Τούρκους και τότε καταστράφηκαν οι περισσότερες τοιχογραφίες. 'Οσοι μοναχοί γλίτωσαν, μαζί τους και ο ηγούμενος Νικηφόρος, εγκατέλειψαν την περιοχή και πήγαν στην Πελοπόννησο για να λάβουν μέρος στον Αγώνα.
Μετά την απελευθέρωση, ορισμένοι επέστρεψαν, ενώ άλλοι, όπως και ο Νικηφόρος, αποφάσισαν να μείνουν στον Μοριά. Στα χρόνια της Βαυαροκρατίας, επισκέφθηκε το μοναστήρι ο τότε βασιλιάς της Ελλάδας, Όθωνας. Στο μοναστήρι της Σκριπούς φιλοξενήθηκε και ο σπουδαίος Γερμανός αρχαιολόγος Ερρίκος Σλήμαν, ο οποίος αναφέρθηκε με πολύ κολακευτικά λόγια στον ηγούμενο Θεοδόσιο, στα χρόνια του οποίου, όπως μαθαίνουμε από σχετικές επιγραφές, έγιναν σημαντικά έργα στο χώρο της μονής.
Το 19ο αιώνα το Καθολικό της αντρικής Μονής Σκριπούς έγινε ενοριακός ναός. 'Εχει πολλά στοιχεία του σταυροειδούς εγγεγραμμένου με τρούλο, δηλαδή σχηματίζεται ένας σταυρός και, εκεί όπου ενώνονται οι δύο άξονές του, δεσπόζει ο τρούλος. Αν και δεν αποτελεί τον πλήρως διαμορφωμένο σταυροειδή εγγεγραμμένο ναό, είναι το σημαντικότερο σωζόμενο μνημείο αυτού του τύπου. Ιδιαίτερα εντυπωσιακό είναι το κατακόρυφο ηλιακό ρολόι που είναι εντοιχισμένο στη νότια πλευρά, το οποίο τοποθετήθηκε στο ναό τη χρονολογία της κατασκευής του, το 874, κάτι που το καθιστά το παλιότερο από όλα τα βυζαντινά κατακόρυφα ηλιακά ρολόγια της Ελλάδας.
Ο ναός υπέστη πολλές ζημιές στο σεισμό του 1894 και εγκαταλείφθηκε. Επισκευάστηκε με τη μεσολάβηση της 'Ελενας Βενιζέλου, συζύγου του Ελευθερίου Βενιζέλου, και το 1926 κηρύχθηκε ιστορικό διατηρητέο μνημείο. Στα κελιά της Παναγίας κατά καιρούς στεγάστηκαν ελληνικό σχολείο, προσφυγικές οικογένειες από τη Μικρά Ασία και τη Θράκη, το πρώτο γυμνάσιο του Ορχομενού και ο Σταθμός της Χωροφυλακής. Η εκκλησία γιορτάζει πέντε φορές το χρόνο: στις 16 Ιανουαρίου (Προσκύνηση της Τιμίας Αλύσεως του Αποστόλου Πέτρου), στις 29 Ιουνίου (Αγίων Αποστόλων Πέτρου και Παύλου), στις 15 Αυγούστου (Κοίμηση της Θεοτόκου), στις 23 Αυγούστου (απόδοση της εορτής της Κοιμήσεως της Θεοτόκου) και στις 10 Σεπτεμβρίου, όταν πραγματοποιείται και πανηγύρι που συνδέεται με ένα σημαντικό γεγονός στα χρόνια του B' Παγκόσμιου Πολέμου.
