Σε μικρή απόσταση από τον Άγιο Σπυρίδωνα βρίσκεται η Παναγία Σπηλαιώτισσα, ο Μητροπολιτικός Ναός της Κέρκυρας, εκεί όπου φυλάσσεται το σκήνωμα της Αυτοκράτειρας του Βυζαντίου, της Αγίας Θεοδώρας της Αυγούστας. Ο ναός ιδρύθηκε το 1577 πάνω σε παλαιότερο ναό και διατηρεί πολλά Δυτικά στοιχεία στην αρχιτεκτονική του, χαρακτηριστικά των επτανησιακών ναών αυτής της περιόδου. Το ιερό λείψανο της Αγίας Θεοδώρας μεταφέρθηκε στην Κέρκυρα από την Κωνσταντινούπολη λίγο μετά την άλωσή της το 1456.
Σημαντικός είναι επίσης ο ναός καθώς πέρα από το ιερό λείψανο της Αγίας Θεοδώρας, φιλοξενεί εντυπωσιακό βυζαντινό τέμπλο και σπουδαίες αγιογραφίες του 14ου και 15ου αιώνα. Ο ναός είναι επίσης αφιερωμένος στην Παναγία τη Σπηλαιώτισσα. Ο ναός γιορτάζει στις 11 Φεβρουαρίου (τον Άγιο Βλάσιο και την Αγία Θεοδώρα) και τον Δεκαπενταύγουστο, την Κοίμηση της Θεοτόκου.
