Σε περίοπτη θέση στο λιμάνι, στη συνοικία του Άμμου, δεσπόζει ο μεγαλοπρεπής ναός του πολιούχου της Ζακύνθου, μαζί με το συγκρότημα της Μονής Στροφάδων, που μεταφέρθηκε το 1717 από τα ομώνυμα νησάκια. Ο παλιός ναός καταστράφηκε στο σεισμό του 1893 και η ανοικοδόμησή του ξεκίνησε το 1931, σε σχέδια του αρχιτέκτονα Αναστάσιου Ορλάνδου. Εγκαινιάστηκε το 1948 και, χάρη στην αντισεισμική κατασκευή του, σώθηκε από το σεισμό του 1953.
Το επιβλητικό πυργοειδές κωδωνοστάσιο ύψους 40 μέτρων χτίστηκε μετά το 1953. Η νέα πτέρυγα της παρακείμενης μονής, με σύγχρονες εγκαταστάσεις, μουσείο, εργαστήριο συντήρησης εικόνων κ.ά., εγκαινιάστηκε το 2000. Ο ναός είναι τρίκλιτη βασιλική με υπερυψωμένο το κεντρικό κλίτος που στηρίζεται σε δεκατέσσερις μαρμάρινους πεσσούς με κορινθιακά κιονόκρανα. Στο εσωτερικό του φυλάσσονται σημαντικά κειμήλια. Ο σπουδαιότερος θησαυρός του είναι η ασημένια λάρνακα με το ιερό λείψανο του Αγίου Διονυσίου, που μεταφέρθηκε από τη Μονή Στροφάδων
Το λείψανο του Αγίου της Συγγνώμης (σ.σ. διότι συγχώρησε το φονιά του αδελφού του) προσκυνείται στο δεξί μέρος του Ιερού Βήματος. Στις 17 Δεκεμβρίου το λείψανο τοποθετείται όρθιο και λιτανεύεται εντός του ναού. Στις 24 Αυγούστου (στη μνήμη της μεταφοράς του στη Ζάκυνθο) τοποθετείται επίσης εκεί και λιτανεύεται στην πόλη. Εξαιρετικής τέχνης είναι το επιχρυσωμένο ξυλόγλυπτο τέμπλο και οι δεσποτικές εικόνες του με την ασημένια επένδυση, έργα του 1829 του Ηπειρώτη αργυροχόου Γεωργίου Διαμαντή Μπάφα.
Οι εικόνες, εκτός από τις τέσσερις κεντρικές διά χειρός ιερέα Νικολάου Κουτούζη, αγιογραφήθηκαν από τους Δημήτριο Πελεκάση και Χρήστο Ρουσέα. Υπέροχα δείγματα είναι επίσης ο περίφημος πίνακας με τη λιτανεία του Αγίου Διονυσίου, έργο του 1766 του Νικολάου Κουτούζη, και οι τοιχογραφίες με σκηνές από τη ζωή του αγίου που έχουν ιστορηθεί από τους αγιογράφους Νικόλαο Στρατούλη, Διονύσιο Ανδραβιδιώτη, Ιωάννη Καρούσο, Χαράλαμπο Γιατρά και Ιωάννη Τσολάκο.
Στο μουσείο φυλάσσονται ιερά κειμήλια, κώδικες και σπάνιες εκδόσεις του 16ου αιώνα από τη μονή των Στροφάδων, πίνακες του Νικολάου Κουτούζη, μια εικόνα της Παναγίας της Θαλασσομαχούσας βυζαντινής προέλευσης, το ανεπανάληπτης ασημουργίας Ευαγγέλιο του Γεωργίου Διαμαντή Μπάφα (1812), όπως και το Ευαγγέλιο του Αθανασίου Τζιμούρη (1828) κ.ά. Ο ναός πανηγυρίζει στις 24 Αυγούστου και τις 17 Δεκεμβρίου.
