Χτισμένη στο χείλος ενός γκρεμού πάνω από τη θάλασσα, κοντά στο χωριό Θεολόγος, με θέα στο Αιγαίο και το Άγιο 'Ορος, λειτουργεί ως γυναικείο ησυχαστήριο και εξαρτάται από την Ιερά Μονή Φιλοθέου του Αγίου 'Ορους. Σε αυτή φυλάσσεται κομμάτι Τιμίου 'Ηλου, δηλαδή από το καρφί με το οποίο κάρφωσαν το δεξί χέρι του Κυρίου πάνω στον Τίμιο Σταυρό, δώρο του Βυζαντινού αυτοκράτορα Νικηφόρου Γ' Βοτανειάτη (βασ. 1078-1081) στη Μονή Φιλοθέου. Δεν γνωρίζουμε πότε ακριβώς ιδρύθηκε n μονή, αλλά αναφέρεται σε επίσημο έγγραφο του 1287.
Λέγεται ότι περί το 1090 ο ασκητής Λουκάς, ο οποίος ζούσε στην περιοχή του Θεολόγου, έχτισε ένα εκκλησάκι προς τιμήν του Αγίου και Ευαγγελιστή Ιωάννη του Θεολόγου, από το οποίο πήρε το όνομά του και ο οικισμός. Αναζητώντας την απομόνωση, κατέβηκε στις σπηλιές της Βαθιάς Ποταμιάς, όπως λεγόταν τότε η τοποθεσία όπου βρίσκεται σήμερα η μονή, και έζησε ασκητικό βίο για είκοσι χρόνια. Μετά από όραμα με τον Αρχάγγελο Μιχαήλ, έχτισε εκκλησάκι στη θέση όπου εμφανίστηκε ο Ταξιάρχης και ανέβλυσε αγίασμα.
Το 1455, όταν οι Τούρκοι κατέλαβαν τη Θάσο, θέλησαν να μιάνουν την πηγή του αγιάσματος. Όμως η πηγή στέρεψε και ανέβλυσε μέσα σε μια σπηλιά κοντά στη θάλασσα. Το σημείο είναι στενό και, για να μπει, κάποιος πρέπει να περπατήσει γονατιστός. Για αυτόν το λόγο, ονομάστηκε Γοναταί. Το 1821 στη θέση της μικρής εκκλησίας του Λουκά χτίστηκε το σημερινό μοναστήρι, το οποίο ανακαινίστηκε το 1835. Η μονή απέκτησε μεγάλη περιουσία, αλλά, με απαλλοτριωτέο νόμο του 1927, μοιράστηκε σε 72 ακτήμονες.
Το 1974 ήρθαν οι πρώτες μοναχές και, με σκληρή δουλειά, μεταμόρφωσαν το μοναστήρι, που είχε ερημωθεί. Η Ιερά Μονή Αρχαγγέλου Μιχαήλ Θάσου γιορτάζει στις 8 Νοεμβρίου, των Παμμεγίστων Ταξιαρχών, και την Τρίτη της Διακαινησίμου.
