Η ιστορική αντρική Μονή βρίσκεται 3 χιλιόμετρα δυτικά της πόλης της Λευκάδας, κοντά στον οικισμό Φρύνι. Η παράδοση αναφέρει ότι στο σημείο που είναι χτισμένη υπήρχε το καλλιμάρμαρο ιερό της θεάς Άρτεμης. Το 63 μ.Χ. ο Απόστολος Παύλος, περνώντας από τη Νικόπολη στην Πρέβεζα, έστειλε στη Λευκάδα τους μαθητές του Ακύλα, Σωσίωνα και Ηρωδίωνα για να κηρύξουν το χριστιανισμό. Εκείνοι έχτισαν αργότερα ευκτήριο οίκο προς τιμήν της Παναγίας δημιουργώντας την πρώτη εκκλησία στο νησί, ενώ ο Σωσίων χειροτονήθηκε από τον Απόστολο Παύλο πρώτος Επίσκοπος Λευκάδας.
Σύμφωνα με εκκλησιαστικές πηγές, το 332 δύο μοναχοί και ο Επίσκοπος Λευκάδας Αγάθαρχος εγκαταστάθηκαν στο ναό, τον οποίο επέκτειναν κατασκευάζοντας κελιά, και έθεσαν τις βάσεις του μοναχισμού στο νησί. Τον 5ο αιώνα η εικόνα της Παναγίας αποκαλύφθηκε αχειροποίητη (δηλαδή, έργο όχι από ανθρώπινο χέρι) στον ιερομόναχο και αγιογράφο Κάλλιστο, γι' αυτό ονομάστηκε Φανερωμένη. Το μοναστήρι πήρε την τωρινή του μορφή επί Ενετοκρατίας, το 1734.
Μετά την ολοκληρωτική καταστροφή του από δύο πυρκαγιές, ο ναός ξαναχτίστηκε το 19ο αιώνα φέροντας στοιχεία που φανερώνουν έντονη επίδραση από τη ζακυνθινή αρχιτεκτονική. Το τέμπλο κατασκευάστηκε το 1887 από τον Ευστάθιο Προσαλέντη τον Νεότερο, ενώ οι εικόνες που προστέθηκαν το 1919 αγιογραφήθηκαν από τους αδελφούς Χριστόδουλο και Θωμά Ζωγράφο από τους Χιονιάδες Ιωαννίνων. Οι ποδιές του τέμπλου κοσμούνται επίσης από έργα του Λεωνίδα Σίδερα με παραστάσεις από την Καινή Διαθήκη.
Η εικόνα της Παναγίας που υπάρχει σήμερα είναι αντίγραφο της παλιάς και αγιογραφήθηκε το 1887 στο Άγιο 'Ορος από τον ιερομόναχο Βενιαμίν Κοντράκη. Το μοναστήρι ανακαινίστηκε και επεκτάθηκε πρόσφατα με νέα πτέρυγα κελιών, ηγουμενείο συνοδικό, βιβλιοθήκη και παρεκκλήσι αφιερωμένο στον Άγιο Σιλουανό τον Αθωνίτη. Σε σύγχρονο κτίριο στεγάζεται τριώροφο μουσείο με εκθέματα εκκλησιαστικής τέχνης και παράδοσης.
Στη μονή λειτουργούν επίσης έκθεση χριστιανικού βιβλίου και ξενώνας. Η Παναγία η Φανερωμένη γιορτάζει με μεγαλοπρέπεια τη Δευτέρα του Αγίου Πνεύματος και η εικόνα της λιτανεύεται γύρω από το μοναστήρι σε κλίμα κατάνυξης, παρουσία πιστών και με τη συνοδεία της Φιλαρμονικής της Λευκάδας.
