Ο μεγαλοπρεπής ελληνικός ναός βρίσκεται στην κεντρική πλατεία της Βηθλεέμ, στην Πλατεία της Φάτνης (Manger Square). Χτίστηκε κατά τα έτη 327-333 από την Αγία Ελένη πάνω στο σπήλαιο όπου εκπληρώθηκε η προφητεία του Ησαΐα με την ενσάρκωση του Θείου Λόγου και ήταν πεντάκλιτη βασιλική με αίθριο. Πολύχρωμα μωσαϊκά δάπεδα και πλούσιος εσωτερικός διάκοσμος έδιναν μοναδική λαμπρότητα στο ναό, που καταστράφηκε ολοσχερώς το 529, κατά την εξέγερση των Σαμαρειτών. Στα ερείπιά του ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός οικοδόμησε από το 532 έως το 543 την επιβλητική βασιλική της Γέννησης, που σώζεται μέχρι σήμερα. Μεταγενέστερα κτίσματα ορθοδόξων, Λατίνων και Αρμενίων έχουν αλλοιώσει την αρχική της πρόσοψη, που μοιάζει με οχυρό, χαρακmριστικό γνώρισμα των περισσότερων ναών της Αγίας Γης.
Από τις τρεις κεντρικές εισόδους της Ιουστινιάνειας βασιλικής στη δυτική όψη, έμεινε μόνο η μεσαία, η Πύλη της Ταπείνωσης, η οποία, στα χρόνια της Οθωμανικής Κατοχής, προκειμένου να εμποδίζει την είσοδο στους εφίππους, είχε μικρύνει τόσο πολύ που ο προσκυνητής αναγκάζεται πλέον να σκύψει για να μπει στο ναό. Οι άλλες δύο είσοδοι έχουν χτιστεί. Ο Ιουστινιανός πρόσθεσε στην εκκλησία της Αγίας Ελένης νάρθηκα, ο οποίος σήμερα έχει παραμορφωθεί εντελώς και έχει μετατραπεί σε ένα στενό και σκοτεινό χώρο που χωρίζεται στα τρία. Από το νάρθηκα, μια μεγάλη ξύλινη διπλή πόρτα, σκαλισμένη με αραβουργήματα και σταυρούς, που αφιέρωσαν το 1227 δύο Αρμένιοι προσκυνητές, οδηγεί στο εσωτερικό τον Ναού της Γέννησης, το οποίο σώζεται στην αρχική του μορφή και συναρπάζει με το μεγαλείο της απλότητάς του.
Ο Ιουστινιανός διατήρησε τα πέντε κλίτη της βασιλικής της Αγίας Ελένης και πρόσθεσε ανατολικά ένα ακόμα, εγκάρσιο σταυροειδές. Σαράντα μονόλιθες κολόνες κορινθιακού ρυθμού χωρίζουν τα κλίτη. Αγιογραφημένες κατά τη διάρκεια του Μεσαίωνα, φέρουν απεικονίσεις διαφόρων αγίων και λατινικές και ελληνικές επιγραφές. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν και τα εραλδικά εμβλήματα του 14ου και του 15ου αιώνα που έχουν σχεδιαστεί στο κάτω μέρος των κιόνων. Στο κεντρικό κλίτος, πάνω από τις κολόνες, υπάρχουν δύο τοίχοι με πρωτότυπο μωσαϊκό διάκοσμο σε χρυσό φόντο. Αρχικά τα ψηφιδωτά κάλυπταν όλους τους εσωτερικούς τοίχους του ναού με θέματα από τη ζωή και το Πάθος του Χριστού, αγγέλους, προφήτες, αγίους και το Δέντρο του Ιεσσαί.
Στο βόρειο τοίχο απεικονίζονται οι επτά Τοπικές Σύνοδοι και στο νότιο οι επτά Οικουμενικές. Στα κενά τους είναι γραμμένα στα ελληνικά τα πρακτικά καθεμίας. Τα ψηφιδωτά κατασκευάστηκαν την εποχή των σταυροφόρων με τη συμμετοχή του Βυζαντινού αυτοκράτορα Μανουήλ Α' Κομνηνού. Στη νότια πλευρά του εγκάρσιου κλίτους αναγράφεται το όνομα του εικονογράφου Εφραίμ και ο χρόνος διακόσμησης: 1169. Το σημερινό πάτωμα του ναού αποτελείται από τραχιές πέτρινες πλάκες που τοποθετήθηκαν το 1842, κατά τη διάρκεια των εργασιών αποκατάστασης των ζημιών που προκάλεσε ο σεισμός του 1834. Ωστόσο στο κεντρικό κλίτος ο επισκέπτης μπορεί να δει τμήμα του μωσαϊκού δαπέδου της βασιλικής που έχτισε τον 4ο αιώνα η Αγία Ελένη, το οποίο ανακαλύφθηκε το 1965, κατά τη διάρκεια ανασκαφών.
Το τρίκογχο Ιερό του ναού, που αντικατέστησε το οκταγωνικό κτίσμα της βασιλικής του 4ου αιώνα, βρίσκεται στο βάθος του εγκάρσιου κλίτους, πάνω από το Άγιο Σπήλαιο. Το ξυλόγλυπτο τέμπλο του χρονολογείται από το 1764 και έχει πάρει τη θέση του παλιότερου, που καταστράφηκε το 1689. Στο βόρειο βραχίονα του εγκάρσιου κλίτους υπάρχουν δύο αρμενικά παρεκκλήσια και στη νότια κόγχη του το ελληνορθόδοξο παρεκκλήσι του Αγίου Νικολάου και η περίφημη εφέστιος εικόνα της Παναγίας της Βηθλεεμίτισσας. Ο χώρος με τη μεγαλύτερη θρησκευτική και ιστορική σημασία είναι το Άγιο Σπήλαιο της Γέννησης, κάτω από το Καθολικό και το Ιερό Βήμα.
Σκαλισμένο στο φυσικό βράχο, είναι ο αυθεντικός τόπος της γέννησης του Σωτήρα. Το σχήμα του είναι σχεδόν παραλληλόγραμμο, με 12 μέτρα μήκος και 3 πλάτος. Στην παλιά βασιλική η είσοδος για το Άγιο Σπήλαιο γινόταν από το κεντρικό κλίτος. Οι αρχιτέκτονες του Ιουστινιανού δημιούργησαν δύο εισόδους, στη βόρεια και τη νότια κόγχη του εγκάρσιου κλίτους.
Η τελική διαμόρφωση του Θεοδέγμονος Σπηλαίου και όλος ο εσωτερικός του διάκοσμος χρονολογούνται από το 12ο αιώνα. Ο τόπος όπου γεννήθηκε ο Χριστός ανήκει στους 'Ελληνες ορθοδόξους. Πρόκειται για κοίλωμα σε σχήμα αψίδας. 'Ενα ασημένιο δεκατετράκπνο αστέρι, που συμβολίζει το φωτεινό άστρο της Γέννησης, υποδεικνύει τη θέση όπου σαρκώθηκε ο Θείος Λόγος.
