Βρίσκεται ανάμεσα στις απότομες πλαγιές της Τύμφης και της Τραπεζίτσας, μέσα στην καρδιά του φαραγγιού του ποταμού Αώου. Πήρε το όνομά της από τη στενή χαράδρα όπου είναι χτισμένη και τη λάμπρυνε με την παρουσία του ο 'Οσιος Παΐσιος ο Αγιορείτης, ο οποίος υπήρξε ο ανακαινιστής της. Η μονή, που είναι αφιερωμένη στην Υπεραγία Θεοτόκο, χτίστηκε το 1442 ή, κατ' άλλους, το 1590, στην απέναντι πλαγιά της Τραπεζίτσας και μεταφέρθηκε στη σημερινή της θέση το 1774.
Στη διάρκεια της Τουρκοκρατίας, το μοναστήρι συντηρούσε πολλά σχολεία της περιοχής διατηρώντας ζωντανές τη χριστιανική ορθόδοξn πίστη και την εθνική συνείδηση. Το 1943 οι Γερμανοί έκαψαν το μοναστήρι και την ανοικοδόμησή του ανέλαβε ο μοναχός Παΐσιος, που είχε μεγαλώσει στην Κόνιτσα όπου εixε καταφύγει η οικογένειά του μετά τον ξεριζωμό στις από τα Φάρασα της Καππαδοκίας.
Στα χρόνια που έζησε στη Μονή Στομίου ο 'Οσιος Παΐσιος (1958-1962) συνέβαλε τα μέγιστα στην αναμόρφωσή της, κουβαλώντας ακόμα και με τα χέρια βαριά φορτία υλικών από το ποτάμι, κινητοποιώντας και ευαισθητοποιώντας τους αγαθούς κατοίκους των γύρω χωριών, συγκεντρώνοντας εισφορές και εργάτες, αλλά κάνοντας και ο ίδιος εργασίες ως μαραγκός που ήταν. Περιστατικά από τη θαυμαστή ζωή του αναφέρουν ότι συνομιλούσε με άγρια ζώα, θεράπευε ασθενείς, πήδηξε από γκρεμό για να διαφυλάξει μια θήκη με ιερά λείψανα που έπεσε κ.ά.
Το μικρό κελί όπου διέμενε ο όσιος διατηρείται μέχρι σήμερα. H Μονή Στομίου αποτελεί σήμερα ενεργό αντρικό μοναστήρι. 'Εχει έστεκα νεόκτιστα κελιά με βοηθητικούς χώρους και ένα μικρό Καθολικό σταυροειδούς τύπου με τρούλο. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν το τέμπλο με αρκετές βυζαντινές εικόνες και τα λείψανα πολλών αγίων, που μεταφέρθηκαν από το Παλαιομονάστηρο. H επίσκεψη στη μονή γίνεται μόνο με πεζοπορία δύο ωρών από τη γέφυρα της Κόνιτσας. Πανηγυρίζει στις 8 Σεπτεμβρίου, στην εορτή του Γενεθλίου της Παναγίας, και στις 12 Ιουλίου, στην εορτή του Οσίου Παϊσίου.
