Βρίσκεται στους πρόποδες της οροσειράς του Σταυρού, στη θέση Τζομπόμυλος του ακρωτηρίου Μελέχα, 15 χιλιόμετρα από την πόλη των Χανίων. H πατριαρχική και σταυροπηγιακή μονή χτίστηκε το 17ο αιώνα από τους αδελφούς Ιερεμία και Λαυρέντιο Τζαγκαρόλο, που κατάγονταν από βενετοκρητική οικογένεια και είχαν επιρροή τόσο στον ορθόδοξο πληθυσμό όσο και στους καθολικούς Βενετσιάνους. Στη θέση της Αγίας Τριάδος υπήρχε μια μικρή μονή που ανήκε στον ιερομόναχο Ιωακείμ Σοφιανό, η οποία μετά το θάνατό του είχε παρακμάσει.
Για αυτόν το λόγο, το 1611 οι βενετσιάνικες Αρχές ανέθεσαν στον ιερομόναχο της Μονής της Αγίας Κυριακής Ιερεμία Τζαγκαρόλο την ανασυγκρότησή της. Ο Ιερεμίας ήταν σπουδαίος λόγιος, φίλος του Πατριάρχη Αλεξανδρείας Μελετίου Πηγά και υποψήφιος ο ίδιος για τον Οικουμενικό Θρόνο. H ελληνική και λατινική παιδεία του και οι γνώσεις του για την ευρωπαϊκή αρχιτεκτονική του καιρού του αποτυπώθηκαν στο μοναστηριακό συγκρότημα που σχεδίασε.
Με επιρροές από το Βερονέζο αρχιτέκτονα του 16ου αιώνα Σεμπαστιάνο Σέρλιο, προσάρμοσε το οικοδόμημα στην κλίση του εδάφους δημιουργώντας ένα τεχνητό επίπεδο, κάτω από το οποίο στεγάστηκαν τα εργαστήρια οίνου και λαδιού και η δεξαμενή νερού. Με αυτό τον τρόπο, η κυρίως μονή με τον τρίκογχο ναό στο κέντρο και οι πτέρυγες των άλλων κτισμάτων περιμετρικά αναπτύχθηκαν με άνεση χώρου στο πάνω επίπεδο. Στα πρότυπα του Σέρλιο οφείλονται ακόμα τα σχέδια της κεντρικής πύλης, το παρεκκλήσι του Σωτήρος στο κοιμητήριο κ.ά.
Με επιρροές από το Βερονέζο αρχιτέκτονα του 16ου αιώνα Σεμπαστιάνο Σέρλιο, προσάρμοσε το οικοδόμημα στην κλίση του εδάφους δημιουργώντας ένα τεχνητό επίπεδο, κάτω από το οποίο στεγάστηκαν τα εργαστήρια οίνου και λαδιού και η δεξαμενή νερού. Με αυτό τον τρόπο, η κυρίως μονή με τον τρίκογχο ναό στο κέντρο και οι πτέρυγες των άλλων κτισμάτων περιμετρικά αναπτύχθηκαν με άνεση χώρου στο πάνω επίπεδο. Στα πρότυπα του Σέρλιο οφείλονται ακόμα τα σχέδια της κεντρικής πύλης, το παρεκκλήσι του Σωτήρος στο κοιμητήριο κ.ά.
Το έργο του Ιερεμία συνέχισε μετά το θάνατό του (1634) ο αδελφός του, Λαυρέντιος, διακόπηκε όμως όταν οι Τούρκοι κυρίευσαν τα Χανιά (1645). Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας η μονή ήταν γνωστή ως Σελβιλί Μαναστίρ (Μοναστήρι με Κυπαρίσσια) και κατά την Επανάσταση του 1821 κάηκε και χάθηκαν πολλά κειμήλιά της. Μετά την Επανάσταση, ανασυγκροτήθηκε και, παρά τις μεταγενέστερες προσθήκες, διατηρεί ακόμη αρκετά την αρχική της μορφή.
Το μεγάλο Καθολικό, στο κέντρο της αυλής, ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του τρικόγχου με τρούλο, με πρόθεση, διακονικό, νάρθηκα και ανά δύο παρεκκλήσια στο ισόγειο και το δώμα του νάρθηκα, αποτελώντας ένα από τα πιο τυπικά έργα της Κρητικής Αναγέννησης που επηρέασε μια σειρά μοναστηριακών ναών της περιοχής των Χανίων. Οι τρούλοι και τα παρεκκλήσια στον όροφο ολοκληρώθηκαν το 1836. Το ξυλόγλυπτο επίχρυσο τέμπλο, όπως και οι περισσότερες εικόνες είναι έργα του ζωγράφου Μερκουρίου από τη Σαντορίνη.
Τα τέμπλα στο νότιο παρεκκλήσι και στο ναΐσκο του Σωτήρα ανάγονται στο 17ο αιώνα. Την ανατολική πτέρυγα καταλαμβάνει το κτίριο της εκκλησιαστικής σχολής που λειτούργησε στα τέλη του 19ου αιώνα. Στη βόρεια πλευρά της μονής υπάρχουν ένα θολωτό ελαιοτριβείο του 18ου αιώνα και μια σειρά από κτίσματα για το βοηθητικό προσωπικό. Αν και το μεγαλύτερο μέρος των κειμηλίων χάθηκε στις διάφορες ιστορικές περιπέτειες, στο μουσείο εκτίθενται εικόνες του 16ου αιώνα, χρυσοκέντητα άμφια, χειρόγραφο λειτουργικό ειλητάριο του 12ου αιώνα κ.ά.
Σήμερα η Μονή Τζαγκαρόλων είναι σταυροπηγιακή (n διαχείρισή της γίνεται άμεσα από το Οικουμενικό Πατριαρχείο) και εξακολουθεί να παίζει σημαντικό ρόλο στη θρησκευτική και οικονομική ζωή της Κρήτης. Από το 1892 λειτουργεί ιεροδιδασκαλείο, ενώ παράγει μοναδικής ποιότητας βιολογικό ελαιόλαδο, κρασί, μέλι, ξίδι κ.ά. Το μοναστήρι πανηγυρίζει στην εορτή του Αγίου Πνεύματος.
Το μεγάλο Καθολικό, στο κέντρο της αυλής, ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του τρικόγχου με τρούλο, με πρόθεση, διακονικό, νάρθηκα και ανά δύο παρεκκλήσια στο ισόγειο και το δώμα του νάρθηκα, αποτελώντας ένα από τα πιο τυπικά έργα της Κρητικής Αναγέννησης που επηρέασε μια σειρά μοναστηριακών ναών της περιοχής των Χανίων. Οι τρούλοι και τα παρεκκλήσια στον όροφο ολοκληρώθηκαν το 1836. Το ξυλόγλυπτο επίχρυσο τέμπλο, όπως και οι περισσότερες εικόνες είναι έργα του ζωγράφου Μερκουρίου από τη Σαντορίνη.
Τα τέμπλα στο νότιο παρεκκλήσι και στο ναΐσκο του Σωτήρα ανάγονται στο 17ο αιώνα. Την ανατολική πτέρυγα καταλαμβάνει το κτίριο της εκκλησιαστικής σχολής που λειτούργησε στα τέλη του 19ου αιώνα. Στη βόρεια πλευρά της μονής υπάρχουν ένα θολωτό ελαιοτριβείο του 18ου αιώνα και μια σειρά από κτίσματα για το βοηθητικό προσωπικό. Αν και το μεγαλύτερο μέρος των κειμηλίων χάθηκε στις διάφορες ιστορικές περιπέτειες, στο μουσείο εκτίθενται εικόνες του 16ου αιώνα, χρυσοκέντητα άμφια, χειρόγραφο λειτουργικό ειλητάριο του 12ου αιώνα κ.ά.
Σήμερα η Μονή Τζαγκαρόλων είναι σταυροπηγιακή (n διαχείρισή της γίνεται άμεσα από το Οικουμενικό Πατριαρχείο) και εξακολουθεί να παίζει σημαντικό ρόλο στη θρησκευτική και οικονομική ζωή της Κρήτης. Από το 1892 λειτουργεί ιεροδιδασκαλείο, ενώ παράγει μοναδικής ποιότητας βιολογικό ελαιόλαδο, κρασί, μέλι, ξίδι κ.ά. Το μοναστήρι πανηγυρίζει στην εορτή του Αγίου Πνεύματος.
