Βρίσκεται στο Βορειοανατολικό τμήμα του νησιού, στο λόφο των Καρυών, σε απόσταση 3 χιλιομέτρων από τον οικισμό της Θερμής. Ιδρύθηκε το 10ο αιώνα και λειτουργούσε ως γυναικείο μοναστήρι μέχρι το 1235, όταν Σαρακηνοί έσφαξαν τις μοναχές και την ηγουμένη τους, Οσία Ολυμπία. Το 1453, μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης, εγκαταστάθηκαν στη μονή ο Άγιος Ραφαήλ και ο διάκονος Άγιος Νικόλαος και έζησαν ειρηνικά σε αυτήν έως το 1463, όταν οι κάτοικοι της Θερμής επαναστάτησαν εναντίον των Τούρκων.
Πολλοί χριστιανοί κατέφυγαν τότε στο μοναστήρι για να σωθούν. Μαζί τους ήταν ο δάσκαλος Θεόδωρος και ο προεστός της Θερμής με την οικογένειά του. Οι Τούρκοι έφτασαν στο μοναστήρι Μεγάλη Παρασκευή, τους συνέλαβαν και τους βασάνισαν φρικτά. Ύστερα έβαλαν φωτιά και έφυγαν. Την άγνωστη ιστορία αποκάλυψε ο ίδιος ο Άγιος Ραφαήλ και η αρχαιολογική έρευνα επιβεβαίωσε τα λεγόμενά του.
Το 1964 η ηγουμένη της Σκέπης της Χίου, Ευγενία (κατά κόσμον Ειρήνη Κλειδαρά), από το Πλωμάρι της Λέσβου, με τα έσοδα από τα βιβλία της, έχτισε ξανά το ερειπωμένο μοναστήρι των Καρυών και το ανέδειξε σε παγκόσμιο Προσκύνημα.
