Το τρίτο σημαντικό μοναστήρι στα περίχωρα της Ξάνθης και απόδειξη της τεράστιας σημασίας που είχε για την Χριστιανοσύνη είναι η Μονή Αγίων Ταξιαρχών. Βρίσκεται στα βορειοδυτικά της πόλης μέσα σε ένα μαγευτικό τοπίο και πυκνό δάσος από πεύκα. Η χρονολογία της αρχικής κατασκευής του παραμένει άγνωστη, αν και η τεχνοτροπία του και η αρχιτεκτονική του προσέγγιση το τοποθετούν κάπου στα μέσα του 16ου αιώνα. Το μοναστήρι άντεξε τον φοβερό σεισμό του 1829 και έτσι οι τοιχογραφίες μέσα στον τρούλο παραμένουν εντυπωσιακές.
Στα χρόνια μετά τον σεισμό έγιναν προσπάθειες να ξαναστηθεί το μοναστήρι με επεκτάσεις και προσθήκες και χρησιμοποιήθηκε και ως χώρος φιλοξενίας των Μικρασιατών προσφύγων. Μετά και την καταστροφική πυρκαγιά του 1947, το ανδρικό μοναστήρι ζει πλέον μία περίοδο ακμής, αποτελώντας καταφύγιο και πνευματικό φάρο για όλη την περιοχή.