Η Βασιλική, Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου και Ευαγγελιστού αποτελεί ίσως το σπουδαιότερο μοναστηριακό συγκρότημα του Αιγαίου Πελάγους, ενώ το 1999 κηρύχθηκε Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς από την UNESCO. Ιδρύθηκε το 1088 από τον 'Οσιο Χριστόδουλο τον Λατρηνό, ο οποίος με χρυσόβουλο του Αλέξιου A' Κομνηνού έλαβε το νησί της Πάτμου απαλλαγμένο από φορολογικές υποχρεώσεις.
Χτισμένη στην κορυφή βουνού-προφανώς στη θέση του ναού της Άρτεμης και μιας παλαιοχριστιανικής βασιλικής-, η μονή περιβάλλεται από ακανόνιστο ορθογώνιο αμυντικό περίβολο που χρονολογείται από το τέλος του 11ου μέχρι το 17ο αιώνα. Έως ότου το μοναστήρι λάβει την τελική του μορφή, πραγματοποιούνταν προσθήκες και τροποποιήσεις στον κεντρικό πυρήνα σύμφωνα με τις επιταγές των οικοδομικών προγραμμάτων κάθε εποχής.
Από τη βυζαντινή περίοδο διατηρούνται το Καθολικό, η τράπεζα, η εστία και τα κελιά, ενώ η χρονολόγηση των βοηθητικών χώρων, όπως το μαγκιπείον, το μυλωνείον, το δοχείον και το ωρείον, δεν είναι βέβαιη. Το Καθολικό εφάπτεται στα ανατολικά τείχη της μονής. O κυρίως ναός ανήκει τυπολογικά στο σταυροειδή εγγεγραμμένο απλό τετρακιόνιο με αρκετές ιδιορρυθμίες και καλύπτεται από τρούλο, ενώ τα γωνιακά διαμερίσματα έχουν εγκάρσιες καμάρες.
Εσωτερικά, διασώζεται τοιχογραφικός διάκοσμος των αρχών του 17ου αιώνα, ενώ στο παρεκκλήσι της Παναγίας, στη νότια πλευρά του Καθολικού, η αγιογράφηση χρονολογείται στα τέλη του 12ου αιώνα. Την ίδια περίοδο τοιχογραφήθηκε η τράπεζα της μονής, η οποία βρίσκεται στη βορειοανατολική πλευρά τον Καθολικού. Τα κελιά είναι παρατεταγμένα στο νότιο τμήμα του οχυρωματικού περιβόλου. Στη μονή υπάρχουν επίσης παρεκκλήσια των μεταβυζαντινών χρόνων: του Αγίου Βασιλείου, του Αγίου Νικολάου, του Τιμίου Σταυρού, του Προδρόμου και των Αγίων Αποστόλων (1603).
Εξω από τον περίβολο βρίσκονται δύο μικρότερα: του Αγίου Γεωργίου και του Αγίου Ονουφρίου (1611). Περίφημες θεωρούνται η πλουσιότατη βιβλιοθήκη του μοναστηριού και η συλλογή των κειμηλίων του, τα σημαντικότερα δείγματα της οποίας μπορεί να θαυμάσει κάποιος στο επισκέψιμο σκευοφυλάκιο.
