Η συνεχής και ακατάπαυστη παρουσία οκτώ αιώνων της Μονής στη ζωή του νησιού της Κρήτης αποτελεί αναπόσπαστο κομμάτι της ιστορίας της. Το πολύπλευρο έργο της Μονής ξεδιπλώνεται στο διάβα των αιώνων. Από πηγές γνωρίζουμε ότι η Μονή υπήρξε κέντρο παιδείας και αντιγραφής χειρογράφων. Τα δε εργαστήρια παραγωγής χρυσοκεντημάτων κατά το 17ο και 18ο αιώνα θάμπωσαν τον κόσμο. Οι αγώνες της Μονής ενάντια στους κατακτητές ενέπνευσαν. Οι θυσίες των ανθρώπων που έζησαν και πέθαναν εκεί συγκίνησαν και παραδειγμάτισαν. Η κατάληψη της Κρήτης από τους Τούρκους γίνεται τη στιγμή που η Μονή Αρκαδίου βρίσκεται σε άνθηση.
Κατά την επανάσταση του 1821 οι μοναχοί συμμετέχουν και πρωτοστατούν στα γεγονότα. Η πρώτη καταστροφή έρχεται. Τότε λεηλατείται και αναγκαστικά εγκαταλείπεται από τους μοναχούς για ένα μικρό διάστημα. Πολύ σύντομα επιστρέφουν. Το ανώτατο σημείο στην πυραμίδα της προσφοράς της Μονής είναι όταν ανεβαίνει το σκαλοπάτι της αυτοθυσίας, του ηρωισμού και του θεάρεστου αλτρουισμού. Είναι το Ολοκαύτωμα της 8ης Νοεμβρίου 1866. Η Μονή έδωσε το δικό της παρόν στον αγώνα ενάντια στη σκλαβιά. Πέτυχε να αποτινάξει τα δεσμά που λυσσωδώς οι εχθροί ζητούσαν να της περάσουν και να καταφέρει να αλλάξει τον ρου της ιστορίας της Κρήτης. Έκτοτε η Μονή φέρει το βάρος της ιστορίας στους ώμους της συνεχίζοντας να λαμβάνει μέρος στους αγώνες που ακολούθησαν σε όλες τις εκφάνσεις στο πολύπαθο νησί και προσπαθεί με κάθε τρόπο να ανταποκριθεί επάξια στο λαμπρό παρελθόν της.
Ίδρυση: Πότε ακριβώς ιδρύθηκε το μοναστήρι δεν είναι επαρκώς σαφές. Η ιστορία θέλει τη Μονή Αρκαδίου να ιδρύεται γύρω στον 11ο μ.Χ. αιώνα από έναν μοναχό με το όνομα Αρκάδιος. Αρχικά ήταν αφιερωμένη στον Άγιο Κωνσταντίνο και την Αγία Ελένη αλλά το μικρό εκκλησάκι, στη μέση του οροπεδίου που είχε αρχικά χτιστεί με τα λίγα κελιά γύρω του αντικαταστάθηκε από ένα μεγαλοπρεπή δίκλιτο ναό το 1587 όπως μαρτυρά ανάγλυφη επιγραφή στη βάση του καμπαναριού. Μέχρι το έτος 1600 μ. Χ. είχε ολοκληρωθεί η κατασκευή όλου του κάστρου-μοναστηριού που βλέπουμε μέχρι σήμερα με ελάχιστες αλλαγές μέσα στη διάρκεια των χρόνων. Η Μονή Αρκαδίου έγινε γνωστή στις διάφορες περιόδους της ζωής της για διαφορετικά γεγονότα κάθε φορά.
Το 17ο αιώνα υπήρξε ένα πολύ γνωστό κέντρο αντιγραφής χειρογράφων, δραστηριότητα η οποία απέδιδε αρκετά έσοδα στους μοναχούς της Μονής. Αρκετά από αυτά τα χειρόγραφα βρίσκονται να διατηρούνται μέχρι σήμερα και κάποια είναι επίσης εκτεθειμένα στο σημερινό της Μουσείο. Και ενώ το το 17ο αιώνα λειτουργούσε όπως είπαμε, τον 18ο αιώνα λειτούργησε ως εργαστήρι χρυσοκεντητικής που βρήκε τους μοναχούς της να κεντούν εκκλησιαστικά και ιερατικά υφάσματα και άμφια με δύσκολες βελονιές και σκληρές χρυσοκλωστές και ασημοκλωστές και να τα πωλούν σε εκκλησίες και μοναστήρια ανά τον κόσμο για να εξασφαλίσουν έσοδα. Πολλά από αυτά εκτίθενται στο σημερινό Μουσείο της Μονής.
Όμως το πιο λαμπρό γεγονός που δόξασε την ιστορική Μονή είναι η αντίστασή της στους Οθωμανούς κατακτητές που το 1866. Στο ξεκίνημα της Κρητικής Επανάστασης εναντίον του Οθωμανικού επεκτατισμού βρέθηκε να έχει στα τείχη της κλεισμένους 964 πολεμιστές και χωρικούς από τα γύρω χωριά, στην προσπάθειά τους να γλιτώσουν αλλά και παράλληλα να εναντιωθούν στην τυραννία που υπέμεναν όλα τα χρόνια της Οθωμανικής κατοχής. Η διήμερη πολιορκία, βρήκε τους Κρήτες να αγωνίζονται, όχι άδικα, εναντίον των Οθωμανών και παρά το γεγονός της θυσίας τους στα κελιά, στην αυλή ή ακόμα και στην πυριτιδαποθήκη που έβαλε τέλος στη ζωή τους ήταν ένα ηχηρό ξεκίνημα αφύπνισης των λαών της Ευρώπης για τα δεινά των Κρητικών από τους κατακτητές.
Όρισε και προσδιόρισε το σθένος και το κουράγιο των Ελλήνων ενάντια στην αδικία και στην παράνομη κατοχή του τόπου τους. Μια αναπαράσταση που έχει τοποθετηθεί στην πυριτιδαποθήκη (αντίγραφο πίνακα του Βρυζάκη που βρίσκεται στην Εθνική Πινακοθήκη) προσδίδει στο ακέραιο το νόημα και την ιδέα για την οποία πολέμησαν οι έγκλειστοι Κρητικοί στη Μονή Αρκαδίου. Η ευλογία του Ηγουμένου Γαβριήλ και η έναρξη του αγώνα για να σώσουν την πίστη και τα ιδανικά τους βρίσκει τους πολιορκημένους γύρω του να αγωνιούν, να υποφέρουν, να ελπίζουν, να αγωνίζονται, να θυσιάζονται και να προσδοκούν μετά από τη θυσία τους την Ανάστασή τους στην αιωνιότητα, δαφνοστεφανωμένη να την φέρνουν άγγελοι από τον ουρανό.
