Βρίσκεται στην περιοχή όπου ξεκινά η λεγόμενη Φαραωνική Διώρυγα (ή Διώρυγα του Πτολεμαίου ή του Τραϊανού), που συνέδεε τον Νείλο με την Ερυθρά Θάλασσα. H μονή ιδρύθηκε το 12ο αιώνα πάνω σε έναν πύργο του Φρουρίου της Βαβυλώνας, που ανεγέρθηκε στη φαραωνική εποχή και επισκευάστηκε στα ρωμαϊκά χρόνια, και στη φυλακή στην οποία, κατά την τοπική θρησκευτική παράδοση, μαρτύρησε ο Άγιος Γεώργιος.
Στο διάβα των αιώνων, η μονή λειτούργησε με τσαρική βοήθεια ως γυναικείο μοναστήρι, νοσοκομείο, πτωχοκομείο, γηροκομείο, σχολείο και κοιμητήριο, ενώ γνώρισε αλλεπάλληλες καταστροφές και ανακαινίσεις, με τελευταία αυτήν του 1904, όταν υπέστη σοβαρότατες ζημιές από πυρκαγιά και αποκαταστάθηκε από τον Πατριάρχη Φώτιο (1900-1925). Ο Ναός του Αγίου Γεωργίου εντάσσεται στον τύπο του περίκεντρου κυκλικού με τρούλο.
Η επιλογή της κυκλικής διαμόρφωσης αφενός στηρίχθηκε στη δεσμευτική μορφή της κυκλικής κάτοψης του πύργου και αφετέρου εξυπηρετούσε την ιδέα ενός σημειολογικού συμβολισμού του ναού ως τόπου μαρτυρίου ή ταφής. Στο εσωτερικό του, οκτώ κίονες επιχρισμένοι έτσι ώστε να φαίνονται μαρμάρινοι, με μεγάλα σύνθετα κιονόκρανα με κορινθιακές άκανθες και ιωνικές έλικες, φέρουν τύμπανο, που, με τη σειρά του, φέρει τον τρούλο στον οποίο δεσπόζει η εικόνα τον Παντοκράτορα περικυκλωμένη από οκτώ αγγελικές μορφές, ενώ μεταξύ των ανοιγμάτων του τυμπάνου υπάρχουν δεκαέξι αγιογραφίες, όλες έργα του Κωνσταντίνου Παρθένη.
Στον κάτω όροφο του ναού βρίσκονται η φυλακή του Αγίου Γεωργίου, η αλυσίδα με την οποία κρατούνταν σιδηροδέσμιος και αντίγραφα των οργάνων των βασανιστηρίων του. Επίσης, στις κατακόμβες της μονής λειτουργούν τα παρεκκλήσια των Αγίων Τεσσαράκοντα Μαρτύρων, του Αγίου Ιωάννη, του Αγίου Θεόδωρου και του Αγίου Χριστόφορου, ενώ υπάρχει και ένα νειλόμετρο (αρχαίο όργανο μέτρησης της στάθμης του Νείλου). Ο ναός περιβάλλεται από αρχαίο τείχος σε απόσταση μισού τετραγωνικού χιλιομέτρου, το μεγαλύτερο τμήμα του οποίου έχει καταστραφεί.
Το 1998 το ελληνικό κράτος ανέλαβε την ανέγερση νέου για να διασωθούν τα αρχαία τμήματά του. Στο χώρο της μονής περιλαμβάνονται και το παλιότερο και μεγαλύτερο ελληνορθόδοξο νεκροταφείο της Αιγύπτου, στην άκρη του οποίου στέκει ένας μικρός ναός, στο χώρο όπου, σύμφωνα με την παράδοση, διέμεινε η Αγία Οικογένεια κατά τη φυγή της στην Αίγυπτο, και το πηγάδι το οποίο ευλόγησε η Παναγία.
