Ο Ιερός Ναός του Αγίου Σπυρίδωνα στην Παλαιά Πόλη χτίστηκε το 1589 από την κερκυραϊκή οικογένεια Βούλγαρη για να στεγάσει το σκήνωμα του αγίου. Ταπεινός επίσκοπος της επαρχίας Τριμυθούντος της Κύπρου και ένας από τους εξέχοντες ιεράρχες της A' Οικουμενικής Συνόδου, ο Άγιος Σπυρίδωνας κοιμήθηκε το 348 και το ιερό λείψανό του παρέμεινε στην Κύπρο για 300 χρόνια. Ωστόσο, το 648 μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη, για να προστατευτεί από τους Άραβες.
Το 1453, λίγες ημέρες πριν από την άλωση, ο κερκυραϊκής καταγωγής ιερέας Γρηγόριος Πολύευκτος μετέφερε το σκήνωμα του αγίου μαζί με εκείνο της Αγίας Θεοδώρας της Αυγούστας στην Ήπειρο και, από εκεί, στην ενετοκρατούμενη Κέρκυρα και τα χάρισε στον ιερέα Γεώργιο Καλοχαιρέτη. Τα ιερά λείψανα κληρονόμησαν οι τρεις γιοι του Καλοχαιρέτη, Μάρκος, Λουκάς και Φίλιππος. Ο Μάρκος δώρισε το σκήνωμα της Αγίας Θεοδώρας της Αυγούστας στο λαό της Κέρκυρας.
Οι κληρονόμοι του λειψάνου του Αγίου Σπυρίδωνα προσπάθησαν να το βγάλουν από την Κέρκυρα, αλλά συνάντησαν τη σθεναρή αντίσταση των κατοίκων. Τελικά, το σκήνωμα πέρασε ως προίκα της στην οικογένεια Βούλγαρη, η οποία το 1528 έχτισε ναό προς τιμήν του αγίου στο προάστιο του Σαρόκκου (Αγίου Ρόκκου). Το 1577 λόγω απαλλοτριώσεων, το λείψανο μεταφέρθηκε στο Ναό του Αγίου Νικολάου των Ξένων στη Γαρίτσα.
Το 1589 έγιναν τα Θυρανοίξια του σημερινού Ναού του Αγίου Σπυρίδωνα, προστάτη και πολιούχου της Κέρκυρας. Πρόκειται για μονόκλιτη επτανησιακή βασιλική με πλούσια διακόσμηση στο εσωτερικό. Το τέμπλο (1864) με τον μπαρόκ διάκοσμο είναι κατασκευασμένο από παριανό μάρμαρο. Οι αξιόλογες εικόνες του είναι έργα του ντόπιου ζωγράφου Σπύρου Προσαλέντη. Δεξιά του τέμπλου, βρίσκεται σε κρύπτη η λάρνακα με τα λείψανα του Αγίου Σπυρίδωνα, κατασκευασμένη στη Βιέννη το 1867.
Εξίσου ενδιαφέρουσα είναι η περίφημη Ουρανία οροφή του ναού. Χωρίζεται σε 17 τμήματα με χρυσά πλαίσια, μέσα στα οποία απεικονίζονται σκηνές από τη ζωή του Αγίου Σπυρίδωνα. Οι πρώτες παραστάσεις είχαν φιλοτεχνηθεί από το σπουδαίο Κερκυραίο ζωγράφο Παναγιώτη Δοξαρά το 1727. Όμως, με το πέρασμα του χρόνου, καταστράφηκαν και αντικαταστάθηκαν από αντίγραφα του Νικόλαου Ασπιώτη. Πάνω από τη δυτική θύρα του νάρθηκα βρίσκεται το αυτοκρατορικό οικόσημο των Ρομανώφ, μια υπενθύμιση ότι η εκκλησία ήταν υπό την ονομαστική προστασία της Ρωσίας (1807-1917).
Εξίσου ενδιαφέρουσα είναι η περίφημη Ουρανία οροφή του ναού. Χωρίζεται σε 17 τμήματα με χρυσά πλαίσια, μέσα στα οποία απεικονίζονται σκηνές από τη ζωή του Αγίου Σπυρίδωνα. Οι πρώτες παραστάσεις είχαν φιλοτεχνηθεί από το σπουδαίο Κερκυραίο ζωγράφο Παναγιώτη Δοξαρά το 1727. Όμως, με το πέρασμα του χρόνου, καταστράφηκαν και αντικαταστάθηκαν από αντίγραφα του Νικόλαου Ασπιώτη. Πάνω από τη δυτική θύρα του νάρθηκα βρίσκεται το αυτοκρατορικό οικόσημο των Ρομανώφ, μια υπενθύμιση ότι η εκκλησία ήταν υπό την ονομαστική προστασία της Ρωσίας (1807-1917).
Το ύψους 40 μέτρων καμπαναριό, το ψηλότερο στα Επτάνησα, με τον κόκκινο θόλο ορθώνεται στην ανατολική πλευρά του ναού και φέρει ρολόι παρόμοιο με εκείνο του Αγίου Γεωργίου στη Βενετία. Η Κέρκυρα τιμά τον πολιούxo της στις 11 Αυγούστου για τη σωτηρία του νησιού από τους Τούρκους το 1716, στις 12 Δεκεμβρίου στη μνήμη του αγίου, την πρώτη Κυριακή τον Νοεμβρίου και την Κυριακή των Βαίων, για την απαλλαγή από την επιδημία πανούκλας το 1629 και το 1673, και το Μεγάλο Σάββατο για τη σωτηρία από λιμό.
