Αφιερωμένη στα Εισόδεια της Θεοτόκου, βρίσκεται στις παρυφές του ορεινού όγκου της Ροδόπης, βορειοανατολικά της Ξάνθης, σε θαυμάσια θέση, πάνω από τη συνοικία Σαμακώβ (ονομάζεται και Σαμακωβιανή). H μονή πήρε το όνομά της από τη θαυματουργή εικόνα του 16ου αιώνα που απεικονίζει τη Θεοτόκο πλαισιωμένη από τους Αρχαγγέλους Γαβριήλ και Μιχαήλ και πανηγυρίζει στις 15 Αυγούστου. Το μόνο ενδεικτικό στοιχείο από πλευράς κτισμάτων είναι μια κρύπτη πίσω και κάτω από το Ιερό Βήμα n οποία χρονολογείται μεταξύ των ετών 1000-1100.
Την έλλειψη πληροφοριών αναπληρώνουν ορισμένες σημειώσεις μοναχών σε διάφορα εκκλησιαστικά βιβλία, από τις οποίες μαθαίνουμε ότι το μοναστήρι είχε το ίδιο όνομα και το 1559, αλλά καταστράφηκε ολοκληρωτικά από δύο φοβερούς σεισμούς που έπληξαν την πόλη της Ξάνθης τον Μάρτιο και τον Απρίλιο του 1829. Στη σημερινή μορφή της, η μονή χτίστηκε το 1841 από τον αοίδιμο Μητροπολίτη Ξάνθης και Νεαπόλεως Ευγένιο (1831-1848), με τη συνδρομή των κατοίκων, ενώ το 1844 κατασκευάστηκε και το καμπαναριό της-το μοναδικό της περιοχής καθώς οι Τούρκοι δεν επέτρεπαν κωδωνοστάσια στους ναούς.
Παρά τις δυσκολίες που αντιμετώπιζε, πρόσφερε από τα πενιχρά εισοδήματά της για τη συντήρηση των σχολείων της πόλης και την ανέγερση του Επισκοπικού Μεγάρου της Ξάνθης. Κατά τη Βουλγαρική Κατοχή (1913-1919), ωστόσο, καταληστεύτηκε. Μεταξύ άλλων, οι Βούλγαροι αφαίρεσαν από τη μονή 33 πολύτιμους κώδικες, τους οποίους μετέφεραν στο Εκκλησιαστικό Μουσείο της Σόφιας και, παρά τις προσπάθειες που καταβάλλονται έως σήμερα, δεν κατέστη δυνατόν να επιστραφούν. Μετά την απελευθέρωση, το μοναστήρι συνέβαλε στην αποκατάσταση των προσφύγων, δεν μπορούσε όμως πλέον να συντηρεί τους μοναχούς.
Περιήλθε στη δικαιοδοσία του ΤΑΚΕ και εγκαταλείφθηκε. Το 1954, με την έλευσή του στην Ξάνθη, ο μακαριστός Μητροπολίτης Αντώνιος (1954-1994) φρόντισε να αναλάβει τη μονή η Μητρόπολη, να την αναστηλώσει και να τη μετατρέψει σε γυναικείο μοναστήρι. Σήμερα η Ιερά Μονή της Παναγίας Αρχαγγελιώτισσας είναι πάλι κυψέλη στοργικής φροντίδας, αλλά και πανθρακικός πόλος προσκυνήματος της Χάριτος της Παναγίας.
