Χτίστηκε το 1506-1507 στην ανατολική πλευρά του Νησιού από τους αδελφούς ιερομόναχους Αψαράδες, Νεκτάριο και Θεοφάνη. Οι πληροφορίες για την ιερά μονή προέρχονται από την αυτοβιογραφία των δύο κτητόρων, οι οποίοι το 1505 επέλεξαν τη θέση Γούβα, κοντά στην όχθη της λίμνης, όπου παλαιότερα υπήρχε ναΐδριο, για να ανεγείρουν το Καθολικό μαζί με κελιά που σήμερα έχουν αναστηλωθεί. Οι δύο αδελφοί ανακαίνισαν και την Ιερά Μονή του Αγίου Νικολάου «εν τω Λεπενώ», που πιθανόν είχε ιδρύσει ο πατέρας τους, και έχτισαν κελί για τις τρεις αδελφές τους, που ήταν επίσης μοναχές στο Νησί.
Το 1821-1822 κατά την πολιορκία του Αλή πασά από τα σουλτανικά στρατεύματα, η μονή υπέστη καταστροφές. Το Καθολικό αγιογραφήθηκε το 1789 και οι τοιχογραφίες του επιδιορθώθηκαν το 1824 και το 1891, με δαπάνη των συντεχνιών των χανιτζήδων και των κρασοπούλων, που εκκλησιάζονταν τακτικά στη Μονή του Αϊ-Γιαννόπουλου, όπως ονόμαζαν το Μοναστήρι του Προδρόμου.
Τα σημαντικότερα θέματα παριστάνουν την Παναγία Βρεφοκρατούσα, τον Χριστό ως Μεγάλο Βουλής Άγγελο, το Δωδεκάορτο και τα Πάθη του Χριστού, καθώς και σκηνές από τους οίκους του Ακάθιστου Ύμνου και τους αγίους. Το σημερινό τέμπλο κατασκευάστηκε το 1789 και σε αυτό έχουν προσαρμοστεί κομμάτια από το αρχικό του 16ου αιώνα.
