Η Ιερά Πατριαρχική και σταυροπηγιακή Μονή Αρκαδίου βρίσκεται στις βορειοδυτικές υπώρειες του Ψηλορείτη, σε υψόμετρο 500 μέτρων, και απέχει 23 χιλιόμετρα από την πόλη του Ρεθύμνου. H ιστορική μονή ιδρύθηκε περί τον 5ο αιώνα από το Βυζαντινό αυτοκράτορα Αρκάδιο, το όνομα του οποίου φέρει προς τιμήν του. Άλλοι, πάλι, αναφέρουν ότι οικοδομήθηκε από κάποιον μοναχό Αρκάδιο.
Ερείπια της πρώτης μονής διατηρούνται σήμερα στο βορειοδυτικό μέρος του περιβόλου της. H πρώτη ολοκληρωμένη φρουριακή μορφή της δημιουργήθηκε την τελευταία περίοδο της Ενετοκρατίας. Το δίκλιτο Καθολικό της ανεγέρθηκε το 1587 και είναι αφιερωμένο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος και στους Αγίους Ισαποστόλους Κωνσταντίνο και Ελένη. Ο ναός διαθέτει χοντρό αυλότοιχο που περιβάλλει διάφορα βοηθητικά οικήματα, στις στέγες των οποίων υπάρχουν επάλξεις (στηθαία) με σκοπιές και τυφεκιοθυρίδες.
Εκτός της μονής, στο χείλος του φαραγγιού, είναι χτισμένο το ηρώο όπου φυλάσσονται τα οστά των υπερασπιστών της το 1866, καθώς το ολοκαύτωμα της Μονής Αρκαδίου αποτελεί ύψιστη πράξη ηρωισμού. Εκτός της μονής βρίσκονται και οι στάβλοι και το λεγόμενο «δραγατοκάλυβο» (φυλάκιο του αγροφύλακα). Για την ύδρευσή της χρησιμοποιούνταν τρία πηγάδια και μία υπόγεια στέρνα. Μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Τούρκους, το 1669, ο πορθητής πασάς (Κυπρισλή) απαγόρευσε να χτυπούν οι καμπάνες σε όλες τις εκκλησίες και τα μοναστήρια.
H μονή εξαιρέθηκε χάρη στην παρέμβαση του ιεροδιάκονου Νεόφυτου Πατελάρου, που ήταν τουρκομαθής και παρακάλεσε τον Πασά να του επιτρέψει τη χρήση της καμπάνας του Αρκαδίου, που για αυτόν το λόγο έφερε την ονομασία «Τσανλί Μαναστίρ», δηλαδή «Δικαιούχος Καμπάνα» (να ηχεί). Ο τουρκικός ζυγός στο νησί μετρούσε σχεδόν 200 χρόνια όταν οι επαναστάτες άρχισαν να συγκεντρώνονται στο Αρκάδι για να εκλέξουν πληρεξουσίους για τις επαρχίες της Κρήτης. Οι Τούρκοι ζήτησαν από τον ηγούμενο Γαβριήλ Μαρινάκη να διώξει την επιτροπή από το μοναστήρι με την απειλή ότι θα το καταστρέψουν, αλλά εκείνος αρνήθηκε.
Στις 24 Σεπτεμβρίου 1866 έφτασε ο συνταγματάρχης του Ελληνικού Στρατού Πάνος Κορωναίος με λίγους εθελοντές και ανακηρύχθηκε αρχηγός. Ο ίδιος έκρινε ότι η τοποθεσία δεν ήταν κατάλληλη για άμυνα, όμως ο ηγούμενος Γαβριήλ δεν δέχθηκε να εγκαταλείψει τη μονή. Ο συνταγματάρχης τότε προχώρησε σε αμυντικές προπαρασκευές, εγκατέστησε ως φρούραρχο τον ανθυπολοχαγό Ιωάννη Δημακόπουλο και μετέβη στις επαρχίες προς στρατολόγηση πολεμιστών.
Ο Μουσταφά Ναϊλή Πασά με 15.000 άντρες και 30 κανόνια ζήτησε από τον ηγούμενο να παραδοθεί. Η απάντηση ήταν αρνητική. Στο μοναστήρι υπήρχαν 964 ψυχές, 325 άντρες και οι υπόλοιποι γυναικόπαιδα. Τη δεύτερη ημέρα της επίθεσης, 9 Νοεμβρίου, η εξωτερική γραμμή άμυνας έσπασε, ο Γαβριήλ σκοτώθηκε και οι Τούρκοι μπήκαν στον περίβολο. Με βέβαιη την αιχμαλωσία, ο Κωνσταντίνος Γιαμπουδάκης από το χωριό Άδελε του Ρεθύμνου κλείστηκε μαζί με άλλους πολεμιστές και τα γυναικόπαιδα στην πυριτιδαποθήκη και την ανατίναξε παρασέρνοντας στο θάνατο εκτός από τους 'Ελληνες επαναστάτες και πολλούς Τούρκους εισβολείς.
Ο Ιωάννης Δημακόπουλος αποφάσισε να παραδοθεί μόνο όταν έλαβε εγγυήσεις για τη ζωή των τελευταίων υπερασπιστών της μονής. Ωστόσο, την επομένη, οι Τούρκοι τους σκότωσαν όλους. Το ολοκαύτωμα του Αρκαδίου ύψωσε το αίτημα για ελευθερία και αφύπνισε τα φιλελληνικά αισθήματα της Ευρώπης, η οποία άλλαξε τακτική απέναντι στο κρητικό ζήτημα. Μετά την καταστροφή, η μονή ανοικοδομήθηκε πλήρως στην πρότερη μορφή της. Μόνο ένα μισοκαμένο τέμπλο στα αριστερά της Αγίας Τράπεζας και μια μπάλα κανονιού σφηνωμένη στο αιωνόβιο κυπαρίσσι στα δεξιά της εκκλησίας μαρτυρούν το αίμα που χύθηκε.
Το μοναστήρι έχει χαρακτηριστεί από την UNESCO Ευρωπαϊκό Μνημείο Ελευθερίας. H μονή γιορτάζει στις 21 Μαίου στο δεξιό κλίτος του Καθολικού, που είναι αφιερωμένο στους Αγίους Ισαποστόλους Κωνσταντίνο και Ελένη, στις 6 Αυγούστου στο αριστερό, που είναι αφιερωμένο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος, και στις 8 Νοεμβρίου, των Αρχαγγέλων Μιχαήλ και Γαβριήλ, οπότε τιμάται πάνδημα το ολοκαύτωμα του Αρκαδίου.
