Βρίσκεται 36 χιλιόμετρα νότια της πόλης του Ρεθύμνου, κοντά στο φαράγγι που οδηγεί στο Λιβυκό Πέλαγος και στην παραλία της Πρέβελης. H μονή ιδρύθηκε τον 10ο με 12ο αιώνα από ασκητές που ζούσαν σας κοντινές περιοχές. H παλιότερη χρονολογία που αναγράφεται είναι το 1594, σε μία από τις καμπάνες. Το όνομα προήλθε πιθανώς από τον Ακάκιο Πρέβελη, που την ανακαίνισε το 1670. H Πρέβελη περιλαμβάνει δύο ξεχωριστά μοναστήρια: Την Κάτω Μονή του Προδρόμου και την Πίσω Μονή του Θεολόγου.
Το πρώτο συγκρότημα που συναντά ο εmσκέπτης, ερχόμενος από το Ρέθυμνο, είναι η Κάτω Μονή του Προδρόμου, που ιδρύθηκε μεταξύ 10ου και 11ου αιώνα, αλλά πλέον έχει ερειπωθεί. Οι εικόνες του Καθολικού της, έργα του αγιογράφου Μερκουρίου από τη Σαντορίνη (1841), και όλα τα ιερά σκεύη μεταφέρθηκαν στην Πίσω Μονή του Θεολόγου, που λειτουργεί ως αντρικό μοναστήρι και είναι επισκέψιμη. Ιδρύθηκε το 16ο αιώνα και είναι χτισμένη σε πετρώδες ύψωμα με θέα στο Λιβυκό Πέλαγος.
Το κτιριακό συγκρότημα έχει σχήμα ακανόνιστου Π και στο κέντρο της αυλής βρίσκεται το νεότερο δίκλιτο Καθολικό, στη θέση του παλιού, που κατεδαφίστηκε το 1835. Το δεξιό κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη τον Θεολόγο και το αριστερό στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. 'Εχει θαυμάσιο εσωτερικό διάκοσμο και περίτεχνο ξυλόγλυπτο τέμπλο. H Μονή Πρέβελης έχει συνδέσει το όνομά της με τη συμμετοχή των μοναχών της στους εκάστοτε απελευθερωτικούς αγώνες της Κρήτης.
Μία από τις σημαντικότερες προσωπικότητες της νήσου ήταν ο ηγούμενός της από το 1803 έως το 1823, Μελχισεδέκ Τσουδερός, ο οποίος μυήθηκε στη Φιλική Εταιρεία και οργάνωσε πρώτος την Επανάσταση του 1821 στην Κρήτη. Σκοτώθηκε ηρωικά στο Πολεμάρχι Κισσάμου δύο χρόνια αργότερα. Στη συνέχεια ο Τούρκος Ψαροσμαήλης κατέστρεψε τη μονή. Μεταξύ των κειμηλίων που άρπαξαν οι Τούρκοι ήταν και ο θαυματουργός Τίμιος Σταυρός που φέρει στη βάση κομμάτι από Τίμιο Ξύλο.
Τον πούλησαν σε Γενοβέζους πειρατές, αλλά το πλοίο τους σταμάτησε απότομα και για τρεις ημέρες δεν μπορούσε να συνεχίσει την πορεία του, μέχρι που επέστρεψαν το Σταυρό στους μοναχούς. Ο νέος ηγούμενος, Νείλος Μοσχοβίτης, ανακαίνισε την Πίσω Μονή, αναδιοργάνωσε το παλιό σχολείο και τη σχολή του Αγίου Πνεύματος. Το 1850 το μοναστήρι ανέλαβε την κατασκευή της καμαρωτής γέφυρας του Μεγάλου Ποταμού και της γέφυρας του Μπουρτζούκου.
Το 1866 πρόσφερε καταφύγιο στους επαναστάτες, ενώ πολλοί μοναχοί πήραν μέρος στον ένοπλο αγώνα. Το 1867 η μονή καταστράφηκε ολοσχερώς από τους στρατιώτες του Ρεσίτ Πασά και η ανοικοδόμησή της ξεκίνησε το 1897. Το 1941, μετά τη Μάχη της Κρήτης και την εδραίωση της Γερμανικής Κατοχής, στο μοναστήρι συγκεντρώθηκαν 5.000 στρατιώτες των συμμαχικών δυνάμεων περιμένοντας τα υποβρύχια που έφτασαν στην Πρέβελη για να τους φυγαδεύσουν στην Αφρική.
Τον Αύγουστο του ίδιου έτους, οι Γερμανοί κατέστρεψαν τη μονή και άρπαξαν τον Τίμιο Σταυρό. όμως το αεροπλάνο που θα μετέφερε το ιερό κειμήλιο στη Γερμανία δεν μπορούσε να απογειωθεί, αναγκάζοντας τους Γερμανούς να το παραδώσουν στην Αστυνομική Διεύθυνση των Χανίων. Οι μοναχοί επέστρεψαν στο μοναστήρι το 1943. Πολλά από τα θρησκευτικά κειμήλια του μοναστηριού εκτίθενται πλέον σε ένα καλαίσθητο μουσείο.
H Μονή Πρέβελης γιορτάζει στις 8 Μαίου, στη μνήμη του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, και στις 14 Σεπτεμβρίου, στην Ύψωση του Τιμίου Σταυρού.
Τον πούλησαν σε Γενοβέζους πειρατές, αλλά το πλοίο τους σταμάτησε απότομα και για τρεις ημέρες δεν μπορούσε να συνεχίσει την πορεία του, μέχρι που επέστρεψαν το Σταυρό στους μοναχούς. Ο νέος ηγούμενος, Νείλος Μοσχοβίτης, ανακαίνισε την Πίσω Μονή, αναδιοργάνωσε το παλιό σχολείο και τη σχολή του Αγίου Πνεύματος. Το 1850 το μοναστήρι ανέλαβε την κατασκευή της καμαρωτής γέφυρας του Μεγάλου Ποταμού και της γέφυρας του Μπουρτζούκου.
Το 1866 πρόσφερε καταφύγιο στους επαναστάτες, ενώ πολλοί μοναχοί πήραν μέρος στον ένοπλο αγώνα. Το 1867 η μονή καταστράφηκε ολοσχερώς από τους στρατιώτες του Ρεσίτ Πασά και η ανοικοδόμησή της ξεκίνησε το 1897. Το 1941, μετά τη Μάχη της Κρήτης και την εδραίωση της Γερμανικής Κατοχής, στο μοναστήρι συγκεντρώθηκαν 5.000 στρατιώτες των συμμαχικών δυνάμεων περιμένοντας τα υποβρύχια που έφτασαν στην Πρέβελη για να τους φυγαδεύσουν στην Αφρική.
Τον Αύγουστο του ίδιου έτους, οι Γερμανοί κατέστρεψαν τη μονή και άρπαξαν τον Τίμιο Σταυρό. όμως το αεροπλάνο που θα μετέφερε το ιερό κειμήλιο στη Γερμανία δεν μπορούσε να απογειωθεί, αναγκάζοντας τους Γερμανούς να το παραδώσουν στην Αστυνομική Διεύθυνση των Χανίων. Οι μοναχοί επέστρεψαν στο μοναστήρι το 1943. Πολλά από τα θρησκευτικά κειμήλια του μοναστηριού εκτίθενται πλέον σε ένα καλαίσθητο μουσείο.
H Μονή Πρέβελης γιορτάζει στις 8 Μαίου, στη μνήμη του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, και στις 14 Σεπτεμβρίου, στην Ύψωση του Τιμίου Σταυρού.
